Winnebago no es el nombre autóctono de este grupo.
En origen no era un término despectivo, pues se refiere a las aguas ricas en algas del río Fox y del lago Winnebago.
Tradicionalmente se habían autodenominado hochungra, el pueblo del gran idioma.
Aunque los siux (agrupación de lakota, nakota y dakota son los que han dado nombre al grupo lingüístico, parece que los winnebago tienen una posición importante.
Además también aparece una fuerte relación con las tribus del grupo lingüístico siux que habitaban en el sudeste de los EE.