En 1965 se unió a la campaña del actor Ronald Reagan para Gobernador de California.
En esa responsabilidad se ganó cierta fama por insistir en que los asuntos más complejos de política pública fuesen reducidos a memorandums de una sola página para la mejor comprensión del Gobernador.
La razón por la que Reagan tenía tanta confianza en William Clark estaba, además de en la condición compartida de rancheros, en la ortodoxia católica del abogado, que siempre anteponía su fe a sus posiciones políticas.
No tenía experiencia en política exterior, pero superó las expectativas de sus críticos mostrando unas buenas aptitudes organizativas.
Sustituyó a varios miembros del personal del Consejo de Seguridad Nacional, y reorganizó su oficina para crear tres grupos negociadores diferentes para tratar con las distintas agencias sobre asuntos políticos, militares, y de inteligencia.
Pero no se libró de las maquinaciones del entorno presidencial que habían condenado a su predecesor.
La señora Reagan, todavía condicionada por el atentado del año anterior contra su marido, insistió en cancelar el viaje, mientras que Clark lo consideraba imprescindible.