Luego de obtener su BA allí, Molyneux fue enviado a estudiar leyes en el Middle Temple, en Londres desde 1675 hasta 1678.

De sus 3 hijos solo Samuel Molyneux (1689–1728) logró sobrevivir y llegar a la adultez.

Samuel se convirtió en astrónomo y político trabajando con su padre en diversos emprendimientos científicos.

[6]​ Las actas de la Sociedad muestran que fue muy activo, registrando datos del clima, calculando eclipses y demostrando experimentos e instrumentos.

[5]​ Molyneux también publicó varios escritos en Philosophical Transactions, como también obras sobre óptica, filosofía natural, y temas diversos.

[7]​ Luego que John Locke publicara su Ensayo sobre el entendimiento humano (1690), Molyneux le escribió felicitándolo por su trabajo.

Si bien The Case of Ireland, Stated fue posteriormente asociado con movimientos independentistas tanto en Irlanda como en América, pero tal como hace notar un historiador, 'los argumentos constitucionales de Molyneux fácilmente pueden ser malinterpretados' pero 'de ninguna forma Molyneux era un separatista'.