Acosado por diversos problemas políticos (abogó por la independencia de Polonia del Imperio ruso) fue encarcelado y en 1885 deportado a Siberia; soportó este suplicio durante cinco años hasta que se fugó en 1890: huyó a Alemania y se escondió en Hamburgo.
Ya asentado en Londres conoció a una joven irlandesa llamada Ethel Lilian Boole (1864-1960), la quinta hija del matemático y filósofo George Boole y autora de la novela El tábano (The Gadfly), bajo el nombre de Ethel Vóynich, con quien se casó en 1902.
En 1912 halló en la biblioteca del colegio jesuita de Villa Mondragone, Italia, el manuscrito que hoy lleva su nombre y que compró a bajo precio junto con otros manuscritos y libros antiguos; intentó descifrar su contenido remitiendo copias del mismo a diversos expertos, aunque sin resultado alguno.
Se lo considera uno de los presuntos autores del Manuscrito Vóynich no sólo porque siempre ocultó el lugar en donde pretendió "encontrar" el manuscrito ("un castillo en el Sur de Europa" según su versión oficial, "situado en Austria" según sus comentarios a Newbold) sino porque tenía amplios conocimientos de química, era experto en obras raras, manuscritos, incunables y en poco tiempo llegó a ser, sin experiencia previa alguna, una gran figura en este difícil campo.
Es posible —aunque hoy ya no se puede comprobar— que su fino olfato para las buenas compras (y posteriores mejores ventas) se basase en su capacidad para convencer a un ignorante propietario, siempre necesitado de liquidez, del escaso valor de los "viejos libros" que pretendía venderle... "viejos libros" por los que algún rico caprichoso pagaría después, en la tranquilidad de su tienda, una auténtica fortuna.