[3] Su principal campo de investigación fue la caracterización molecular del citoesqueleto en células normales y transformadas.
[6] Defendió al ciclista Danilo Hondo después de que la sustancia prohibida fenilpiracetam fuera encontrada en su sangre durante la Vuelta a Murcia de 2005.
[7][8] Franke argumentó que la cantidad encontrada en su sangre era "risiblemente pequeña" y que "solo se puede obtener este medicamento a través de ciertos canales en Rusia o China, donde es utilizado por el ejército y los programas de vuelos espaciales".
[10][11] Un tribunal alemán impuso una orden de mordaza a Franke después de que descubrió que no había pruebas suficientes para vincular a Ullrich con el dopaje.
[12] Sin embargo, ese caso volvió a la corte con un análisis de ADN que vinculaba a Ullrich con nueve bolsas de sangre incautadas en el caso Puerto,[13][14][15] y, finalmente, después de cuatro años, Franke ganó el proceso.