El comienzo de la Primera Guerra Mundial en 1914 provocó un descenso en el nivel de la enseñanza, ya que los profesores fueron reclutados por las fuerzas armadas, y como consecuencia dejó la escuela en 1916 para trabajar en la Gas Light and Coke Company, que abandonó para trabajar en una fábrica gestionada por el gobierno en Greenwich, ya que el ambiente en la GLCC le resultaba desagradable.
Eligió la Royal Navy y, gracias a su experiencia en el trabajo con productos químicos, fue destinado al HMS President, que producía productos químicos y equipos para la Armada, incluidos flotadores para cortinas de humo.
Tras el descubrimiento de la insulina en 1922, Morgan se interesó por la química médica y solicitó plaza en el West Ham Municipal College, donde cursó un máster en Ciencias a tiempo parcial mientras seguía trabajando para la Gas Light and Coke Company.
Terminó la carrera en 1925 y publicó su primer artículo en el Journal of the Chemical Society en 1926.
Inicialmente trabajó con el Dr. Robert Robison identificando la estructura de la fructosa 1,6-bisfosfatasa descubierta por Arthur Harden y William John Young.
Logró hacer esto, y los estudios sobre ésteres constituyeron una gran parte de su tesis doctoral.
En 1929 asistió al Congreso Internacional de Fisiología celebrado en Boston, donde conoció a varios científicos distinguidos, entre ellos Walter Goebel y Michael Heidelberger, con los que entabló una estrecha amistad.