Forman parte del territorio comunal las localidades de: Amtmerswil, Balsingen, Dietisberg, Eggelried, Elswil, Flamatt, Mühlethal, Pfaffenholz, Sensebrücke y Staffels.
Wünnewil y Flamatt(situado justo en la frontera con el cantón de Berna) son 2 pueblos que comparten ayuntamiento.
En el pasado el territorio de Wünnewil-Flamatt estaba dividido en dos, ya que la zona entre los 2 pueblos pertenecía a Bösingen, cosa que se corrigió incorporando dicha zona al territorio de Wünnewil-Flamatt.
Situada en la localidad homónima, en ella efectúan parada trenes de cercanías de dos líneas pertenecientes a la red S-Bahn Berna.
En la comuna existen otras estaciones como Flamatt Dorf o Wünnewil.