En ese instante había finalizado el mantenimiento del aparato AeroPerú a cargo de los supervisores de loza, Máximo Paredes Torrealba y Roberto León Regalado y el pintor Chacaliaza.

Finalmente se decidió declarar la emergencia al Aeropuerto Internacional Jorge Chávez de Lima.

A las 12:44 AM el copiloto del vuelo 603, David Fernández, reportó emergencia en el vuelo 603 de Aeroperú: «Declaramos emergencia, no tenemos instrumentos básicos, ni altímetro ni velocímetro.

En vano, los controladores aéreos intentaron descifrar lo que sucedía en la cabina y esto trajo aún más confusión al vuelo 603.

Se pudo establecer que el piloto intentó seguir las instrucciones que llevarían el vuelo de regreso al aeropuerto, pero por fallos en los instrumentos dio vueltas por debajo de la altura permitida en SIGAS (4000 pies).

Desde allí la tripulación debería tener en la visual la pista 15 del Aeropuerto Jorge Chávez.

A causa de que no se encontraba la solución a los problemas, los radiocontroladores del Jorge Chávez decidieron despachar un Boeing 707 carguero para que guiara al vuelo 603, este avión estaría en el aire en 15 minutos.

A las 12:56 AM Fernández solicita a la torre que le indique si está sobre el agua o sobre tierra (para descartar una posible colisión con alguna montaña tierra adentro), y además que se le indique si está en descenso y su velocidad.

La torre responde que está sobre el agua y además su velocidad es de 230 nudos.

A las 1:08 AM la alarma («¡TOO LOW – TERRAIN!») vuelve a sonar pero los pilotos no solo no le creen, además quedan atónitos; tenían una alarma que les indica terreno bajo mientras que el altímetro les indica 9.700 pies de altura, siendo incapaces de detectar que el avión estaba apenas sobrevolando por el agua.

Inicialmente se estableció que la aviónica del 757, un aparato nuevo en AeroPerú, había fallado y además se apuntó a que los pilotos Schreiber y su copiloto no estaban debidamente entrenados por la compañía Boeing para enfrentar el tipo de incidente ocurrido en la cabina del vuelo 603.

La obstrucción de los puertos estáticos creó un conflicto en la computadora a bordo que derivó en la activación de todas las alarmas que confundieron a los pilotos, no pudiendo superar el incidente.

[4]​ Finalmente en el 2006, la empresa Boeing pagó una considerable indemnización a los familiares de las víctimas del vuelo 603 con una cifra que no ha sido revelada.

La matrícula del avión era norteamericana ya que estaba en régimen de alquiler.