Era descendiente directo por línea masculina del Bashar Abulurd Harkonnen, que fue exiliado por cobardía tras la Batalla de Corrin.
Abulurd, descontento con las obras de su hermano, se casa con Emmi Rabban, renunciando a su apellido y sus derechos al título.
Abulurd y su esposa tienen dos hijos: Glossu Rabban (apodado más tarde como la Bestia Rabban por el asesinato de su padre) y Feyd-Rautha; Vladimir adopta más tarde a ambos sobrinos, incorporándolos al linaje de la Casa Harkonnen.
El mayor rival del barón en materia política es el duque Leto Atreides; ambas familias, los Harkonnen y los Atreides, han sido enemigas por milenios, desde la batalla de Corrin, escaramuza con que terminó la Yihad Butleriana.
Por otra parte, las Bene Gesserit, en el marco de su programa genético, ordenan a Gaius Helen Mohiam concebir una hija del barón para obtener sus genes.
Debido al conocido carácter homosexual del barón, Mohiam lo chantajea para tener relaciones sexuales a pesar de su rechazo; de esta unión nace una hija débil y deforme, no apta para continuar con el programa genético.
La segunda hija de Mohiam con Harkonnen es Jessica, la futura concubina del duque Atreides.
El doctor hizo prisionero a Leto, pero sospechando que su esposa ya había sido asesinada, le dio un diente falso con un gas mortífero.
Harkonnen reemplaza a De Vries con Hawat; para asegurar su control sobre él, le administra un veneno que requiere tomar regularmente su antídoto.
Obtiene el éxito solo cuando encierra al ghola en un estanque de privación sensorial por un periodo prolongado.
Los papeles se invierten esta vez, y es la personalidad de Alia Atreides quien acosa al barón reencarnado.
En el videojuego Emperor: Battle for Dune, aparece un personaje llamado barón Rakan Harkonnen, interpretado por Michael McShane, que es prácticamente idéntico a la versión cinematográfica de Vladimir Harkonnen, tanto en el aspecto físico (exceptuando los suspensores) como en la personalidad; también muere envenenado.