Existen dos versiones que intentan explicar el origen del topónimo Villaescusa.

La segunda parte, «escusa», es la que concentra la disparidad de opiniones.

Algunos autores piensan que procede de «excusa», y que definiría a una «villa excusada del pago de ciertos impuestos o tributos».

Otros proponen que derive del latín abconsa (oculta, escondida), que derivó hacia ascunsa y ascusa, dando un significado final de «villa escondida».

Históricamente, Villaescusa fue una de las localidades representadas por la ciudad de Toro en Cortes, pasando a integrar en la Edad Moderna la provincia de Toro, en la que se mantuvo hasta el siglo XIX.