El municipio tiene como principal actividades la agricultura, la ganadería, la pesca y la explotación forestal.
[1] En la agricultura, los cultivos más comunes son el arroz, soya, maíz, yuca, fréjol, plátano y piña.
En el área del turismo, Yapacaní tiene en su jurisdicción el sector norte del parque nacional Amboró, que abarca una gran parte de su territorio, conformado por la Reserva Forestal de Aprovechamiento Permanente El Choré.
[2] La comercialización de madera y el trabajo asalariado en fábricas de productos metálicos y maquinarias, ladrilleras, carpinterías, ingenios arroceros, son otras actividades que generan ingresos a sus habitantes.
Yapacaní se ubica en la vía troncal Ruta 4 de 1.657 kilómetros, que cruza todo el país desde Tambo Quemado en la frontera con Chile en dirección este-oeste y llega a Puerto Suárez en la frontera con Brasil.