Víktor nació en Narym, óblast de Tomsk, Siberia, siendo su padre teniente general del Ejército Imperial Ruso.
Fue acusado de separatismo siberiano y tuvo varios enfrentamientos con los nacionalistas rusos.
Durante la guerra civil rusa Pepeliáyev prestó su apoyo al movimiento blanco y ejerció una serie de cargos en el gobierno siberiano de Aleksandr Kolchak, incluidos los de jefe de la policía, ministro del Interior y primer ministro.
Fue el único ministro fiel a Kolchak hasta el final.
En este papel, fue uno de loa máximos ejecutores del Terror Blanco.