Durante el último curso 1874-75 asistió a las explicaciones matemáticas del Dr. Gaspar Pérez Gómez.
Tenía entonces Lorente treinta años; en plena juventud, con impulsivo carácter y con un espíritu combativo e inmediatamente protestó por la votación, haciéndolo también su maestro, don Tomás Vilanova Muñoz Póyanos(1737-1802), que indirectamente había intervenido en el asunto, y llevando sus gestiones primero hasta el Ayuntamiento y luego al Real Acuerdo, entonces se entabló entre ambos la consiguiente polémica, si bien fracasó en su empeño, y el doctor Muñoz continuó tranquilo al frente de su cátedra por el momento, pues el 23 de noviembre del mismo año o sea un mes después de abierto el curso acudió al claustro quejándose de que un estudiante llamado Josef García le mortificaba con preguntas, réplicas y discusiones sobre los ejercicios que hizo Muñoz en el examen y que esto era motivo de bromas y burlas por parte de los alumnos.
Habían pasado los tres años de vigencia que tenía la cátedra temporal de Botánica que antes hemos aludido, y se publicaron los edictos para proveerla nuevamente mediante oposición.
Lorente solicitó ser admitido en ellas, y al propio tiempo pedía no se considerasen como dos cátedras, con un profesor para Química y otro para Botánica (como, al parecer, insinuaba el Ayuntamiento), sino que fuese un solo catedrático para ambas disciplinas, como había sido hasta entonces.
Pero Lorente, que, como hemos dicho, poseía un espíritu tenaz y combativo, se apresuró en defender lo que consideraba como suyo a fuerza de disfrutarlo durante varios trienios consecutivos, e inmediatamente envió una exposición al rey Carlos IV, solicitando se le reconociera derecho preferente.
Pero Lorente, que, como hemos dicho, poseía un espíritu tenaz y combativo, se apresuró en defender lo que consideraba como suyo a fuerza de disfrutarlo durante varios trienios consecutivos, e inmediatamente envió una exposición al rey Carlos IV, solicitando se le reconociera derecho preferénte, y otra al Ayuntamiento, pidiendo se verificaran las oposiciones, sin perjuicio de lo que S. M. resolviera.
Durante la tramitación de este asunto, Blasco había solicitado al rey que la cátedra pasase a ser perpetua y que además se le concediese a Vicente Soriano sin necesidad de oposición por ser "único inteligente y aficionado".
Algunos días después el 31/05/1806 presentó al claustro un reglamento para el régimen del Jardín Botánico fijando especialmente los derechos y deberes de los empleados así como los perfiles que debían de reunir los elegidos, esto volvió a contrariar al rector que pretendía colocar a una determinada persona como jardinero mayor que no reunía las condiciones para el puesto, pues desde 1806 desempeñaba este cargo con carácter de alumno-ayudante del profesor D. José Palacián, quien ya había desempeñado el mismo cargo en el Botánico de Madrid, el 7/01/1808 solicitó que dicha plaza se obtuviese por oposición y el Claustro denegó la petición Palacian y dijo que necesitaba solo un jardinero económico y laborioso aunque no fuera científico, así que nombró a Ramón García de forma interina y le encomendó las obligaciones que se habían impuesto a este cargo con fecha del 31 de mayo de 1806, esto volvió a enfrentar a Lorente con el claustro y el rector Fray Blasco García y dio lugar a una serie de protestas, y quejas que Lorente su candidato Palacian recurrió a la Junta de Patronato (Ayuntamiento) la cual resolvió el 20 de enero de 1808 destituir al nombrado por el Claustro y que el jardín siguiera gobernándose por Lorente y Palacián hasta que dicha junta proveyese dicha plaza en propiedad, que se amonestase al rector por oficio la extrañeza de la Junta por lo ocurrido, y ordenándole que en lo sucesivo se abstuvieran él y el Claustro de tomar acuerdos contrarios, la universidad de valencia dependía exclusivamente del Ayuntamiento y que hasta el año 1827 no pasó a depender del estado, la Junta de Patronato de la Universidad estaba integrada por altas personalidades del Ayuntamiento y era el organismo supremo por debajo de ella estaba el Claustro de profesores que con su rector a la cabeza.
Ahí podía haber quedado zanjado el asunto si a Lorente no se le hubiera ocurrido negarse a entregarles las llaves del Jardín Botánico en el primer día de trabajo de esta persona, volvieron a cruzarse oficios Fray Blasco y Lorente hasta que por fin el rector le amenazó con proceder severamente contra él por delito de desobediencia y solo de esa manera pudo someter al impetuoso profesor.
Hasta la Real Sociedad de amigos del País, de la cual era entonces director el Marqués de Valera, se mezcló en este asunto, apoyando a Lorente de una forma indirecta, y el 24 de agosto de 1808 dirigió un oficio al claustro, firmado por el mismo directo y por el secretario D. Vicente Vergara donde decían que entre las plantas exóticas con las que aquella Sociedad procuraba el enriquecimiento de la agricultura en este Reino, según sus Estatutos, le había merecido particular cuidado por las ventajas que prometían a la patria el "añil" y la "mimosa nilotica", y que esta segunda se cultivaba por especial encargo del Príncipe Almirante, su protector, a quien se le había notificado que prosperaba en el Jardín Botánico; que siendo que el encargado hasta entonces de su cultivo, don Vicente Alfonso Lorente había comunicado a la Real Sociedad que no podía seguir en este encargo, por una determinación del Claustro, se veían obligados a manifestar el particular interés que les merecían estas plantas y el peligro que corrían si no estaban cuidadas por sujeto idóneo.
No faltó quien dijo que Lorente aspiraba a erigirse en señor absoluto de los dominios del Jardín, aunque no en perjuicio de éste, a decir verdad, y lo cierto es que ello era debido al calor y entusiasmo que sentía por el Botánico, al cual dedicaba todos los afanes de su vida, como lo demuestran los hechos que quedaron bien patentes, ya que en vísperas de producirse la invasión francesa, el Jardín llevaba una vida próspera y resplandeciente y comenzaba a señalarse como uno de los más importantes.
La Universidad intentó recuperar el jardín inmediatamente y lo puso en manos de José Paulí que poco pudo hacer para mantenerlo.
Tras la muerte de Lorente la enseñanza de botánica en Valencia fue impartida a muy bajo nivel por diversos profesores entre ellos Vicente Soriano al cual habían intentado colocar a comienzos de siglo, las intrigas caciquiles del rector Blasco y Cavanilles, la situación empezó a cambiar cuando en el 1829 se hizo cargo de la enseñanza José Pizcueta y Donday, bajo cuya dirección el jardín alcanzó su época más esplendorosa como Lorente se interesó por las plantas tintóreas y ensayó el cultivo del azafrán bastardo (Carthamus tinctorius).
Todos sus escritos tratan de asuntos botánicos, tres de ellos, quizás los más importantes están escritos en latín los demás en castellano, y se distinguen por su estilo sobrio, claro, natural y adecuado a los asuntos que tratan.
Podemos clasificarlos en tres series: una comprende los destinados exclusivamente a la parte sistemática de la ciencia; otra, los pertenecientes a la botánica aplicada; y la tercera, los que no pueden tener cabida en las dos anteriores.
Los de la primera serie son 4 y tiene por objeto dar a conocer el sistema sexual establecido por Carlos Linneo, facilitar la determinación de las plantas con arreglo a dicho sistema y defenderlo contra las múltiples innovaciones hechas por otros botánicos, especialmente por Cavanilles En 1788.
— Dos cartas dirigidas al Director del Jardín Botánico de Cartagena, atacando a Cavanilles y defendiendo a don Hipólito Ruiz de los ataques que aquel le hacía sobre cuestiones botánicas.