Tras la Guerra Civil, se inauguró la línea Soria-Castejón, tomando como base de partida El Cañuelo.
En los años 1940, se construyó el viaducto de hormigón que permitía que los trenes procedentes de Torralba pudieran entrar a El Cañuelo sin pasar por San Francisco.
San Francisco era una modesta estación término con apenas tres vías, una rotonda y un edificio de viajeros, y para el tráfico generado por Soria, no eran necesarias dos estaciones.
En los años 1960, se demolieron San Francisco y el viejo viaducto, quedando El Cañuelo como estación término del Torralba-Soria.
[1] La longitud del viaducto era de 150 m y tenía un ligero desnivel entre sus dos extremos.