Ese mismo año fue trasladado a San Petersburgo, a la Academia Naval (donde estudió con los luego también exploradores polares Semión Cheliuskin y Dmitri Láptev) y se convirtió en guardiamarina.

En 1735, Vasili Prónchishchev descendió el río Lena desde la ciudad de Yakutsk, en un balandro que bautizó con ese mismo nombre, Yakutsk, logrando doblar el delta y deteniéndose para la invernada en la desembocadura del río Olenek.

Muchos miembros de la tripulación cayeron enfermos y debido principalmente al escorbuto, murieron.

Después de su muerte, ambos fueron enterrados en la desembocadura del río Olenek.

El rompehielos Vasili Prónchishchev, construido en 1961 en Leningrado, fue nombrado para honrar a este pionero explorador del Ártico.