Hijo del coronel Manuel Ramón Fajardo (militar chileno que llegó al Perú en la Expedición Libertadora al mando del general José de San Martín) y de Manuela García.En 1854, estando en Ayacucho, se plegó a la revolución liberal acaudillada por el mariscal Ramón Castilla contra el gobierno del general José Rufino Echenique.Meses después, aplastó sangrientamente otro levantamiento en Huanta, por lo que fue ascendido a capitán graduado.Terminado el conflicto, pasó a comandar el Batallón Puno, con el grado de sargento mayor (1860).Luchó en las batallas de San Francisco y Tarapacá; en esta última tuvo un actuación destacada, contribuyendo al triunfo peruano.
