Inicialmente fundado como un equipo universitario a principios de la década de 2000, a iniciativa de dos amigos que se conocieron desde el colegio y estudiaron juntos en la Universidad Adventista de Bolivia (UAB), Fernando Chávez y Ramiro Ayarde, hoy presidente y primer vicepresidente del club vinteño.
Participaron por primera vez en la Copa Simón Bolívar en 2017, siendo eliminado en la fase de grupos.
[1] Universitario de Vinto llegó a la segunda etapa de la Simón Bolívar en 2018, pero no avanzó a la fase nacional en las campañas 2019 y 2020 tras no clasificarse.
[1] Sin embargo, en 2020, ganan el Campeonato Provincial del Valle Bajo para disputar el Torneo Provincial de Clubes Campeones donde logran el título de Campeón Provincial de Cochabamba y así regresar al principal torneo Nacional de ascenso en 2021, en la que ganan el campeonato y el ascenso a la División Profesional tras derrotar a Universitario de Sucre en las finales.
[2][3] El club usaba un escudo similar al del club peruano Universitario de Deportes, el cual tiene una "U" en su escudo, además de que la similitud en el uniforme y nombre son similares al equipo peruano.