En 1993, la ANF y la LFPB llegaron a un acuerdo para que la Copa Simón Bolívar funcione como campeonato promocional del fútbol boliviano.

Como en junio de 2010 se dio la reestructuración del fútbol boliviano se quedó que el torneo de segunda división dure 1 año, para solucionar este problema, la LFPB propuso apoyar económicamente a la ANF para que sus clubes participen directamente en la Copa Simón Bolívar, ya que caso contrario cualquier club que descendiera debía esperar al menos 1 año para jugar el torneo de segunda división.

La ANF aceptó el apoyo económico de la LFPB y se creó el torneo Símon Bolívar Nacional B.

En 2016 la LFPB corta el apoyo económico a la ANF, se rompen relaciones entre ambas instituciones, y la ANF decide modificar el torneo solamente a Copa Símon Bolívar[3]​[4]​ con la particularidad de que ya no aceptarón directamente a los clubes que descendieron de la LFPB, es decir se volvió al sistema antiguo.

Esta situación fue fuertemente criticada por Ciclón ya que le correspondía jugar la Copa Simón Bolívar 2016-17 por descender de la LFPB, inicialmente no fue inscrito en la convocatoria, aunque finalmente fue invitado por la ANF para igualar el número de clubes en el torneo.