Los fundadores del club, entre los que se encontraban los señores Julio Cossío, Tomás Uribe, Bernardo Narváez, Julio Tolay, Telmo Baldiviezo y Escolástico Narvaéz, eligieron como su primer presidente a don Isaac Cazón Aguilar.

Sin embargo, tras la declinación tanto de Deportivo Alas, como del segundo Nacional Sedac, por motivos económicos, la ATF aprueba una resolución permitiendo solicitar su ingreso a la Liga a Ciclón, que había salido tercero en el campeonato de ese año.

En 1990 logró por primera vez pasar a la eliminatoria final tras haber obtenido el primer puesto de su grupo, sin poder continuar más allá.

Tras el empate 0 a 0 en el tiempo reglamentario, fue derrotado 8-7 en los tiros penales, con lo que se consumó su descenso nuevamente al fútbol de asociación, y desde ese momento intentó insistentemente retornar a la máxima categoría del fútbol boliviano.

Entre 1998 y 2001, obtuvo cuatro veces el título del torneo local, sin embargo, falló en sus presentaciones en la Copa "Simón Bolívar" cayendo el 98' en las semifinales ante Atlético Pompeya, el 99' en cuartos de final ante Litoral, el 2000 en segunda fase ante Guaraní, y el 2001 sin pasar la fase de grupos.

En el mismo, Ciclón cerró una primera fase casi perfecta, ganando cinco partidos y perdiendo solamente uno.

En 2010 obtuvo nuevamente el título del torneo local, pero una muy pobre campaña en la Copa "Simón Bolívar" lo eliminó prematuramente en primera fase.

Bajo este nuevo formato, Ciclón no se clasificó al Nacional B Copa "Simón Bolívar" en la temporada 2011/2012.

Tuvo una gran fase de grupos, sin embargo en el hexagonal final, solo alcanzó el tercer puesto, tras Guabirá y Sport Boys, lo que postergaría una vez más su ascenso.

[3]​ En la temporada 2014/2015 participó una vez más del campeonato de ascenso Nacional B Copa "Simón Bolívar" al haber salido nuevamente campeón tarijeño.

Con estos resultados llegó a la última fecha con una ventaja de 2 puntos sobre su único perseguidor, Atlético Bermejo.

El club tiene seguidores en todos los departamentos de Bolivia y en algunos países del exterior como Argentina.

La rivalidad se debe ya que ambos equipos jugaron partidos clave en la Copa Simón Bolívar por el ascenso a la primera división del fútbol boliviano el partido más importante fue la final del año 2009.