Eduardo es el técnico más ganador de la liga profesional boliviana, levantando la copa en 6 ocasiones.

En 1986, se unió a The Strongest, permaneciendo en el club durante dos temporadas.

En 1994, luego de una tercera etapa con The Strongest y San José, Villegas fichó por Bolívar, ganando la Primera División.

En 1995, Villegas se reincorporó a San José, ganando otra Primera División.

Como técnico, Villegas se inició a los 38 años en Independiente Petrolero.