El rey Teobaldo II buscó la creación en Tudela de una institución universitaria estableciendo las bases y logrando documentos pontificios del papa Alejandro IV.
[12] En esta inquietud académica hay otros dos circunstancias que ayudan a entender su creación:[13] En 1610 el cronista benedictino fray Antonio de Yepes afirmaba sobre este centro en donde residía y estudiaba en aquellos años: Pocos años después se convierte en Universidad Pontificia en 1616 de la mano del papa Paulo V y en 1665 la confirma Felipe IV.
Es por ello, la primera universidad que ha existido en la Comunidad Foral de Navarra.
Realmente las tres primeras fueron las más cultivadas junto con las lenguas clásicas y semíticas así como la historia.
Este cargo «se hallaba investido de la autoridad Pontificia y Real para dar los Grados Académicos.