[1]​ Su antecedente inmediato es el Estudo Geral fundado en 1290 en Lisboa y transferido a Coímbra en 1308 por el rey Dionisio I,[2]​ sólo un siglo más tarde de la fundación de la nación portuguesa.

En este documento se solicitaba la fundación de un "Estudio General" financiado por las instituciones religiosas firmantes.

La de Teología se reservó a los conventos dominicos y franciscanos (hasta aproximadamente el año 1380 en que pasó a formar parte de la enseñanza del sistema portugués).

[3]​ Tras su inicio en Lisboa, la Universidad se traslada a Coímbra, donde ocupa el Palacio de Alcáçova en 1308.

[3]​ Allí permanecería hasta 1537, cuando por orden del rey Juan III vuelve definitivamente a Coímbra.