La Universidad San Raffaele fue creada en 1996 sobre el Departamento de Psicología y Ciencia cognitiva, fundado por Massimo Piattelli-Palmarini en 1993.
En un principio, se orientó hacia la investigación en neurología, neurocirugía, diabetología o biología molecular, entre otros campos del conocimiento.
Desde entonces, ha ido ampliando los campos de la investigación hacia otras Ciencias Cognitivas y la Filosofía.
Entre los temas que se estudian en esta universidad, junto a los problemas clínicos, son: filosofía de la ciencia, percepción, visión, biolingüística o gramática generativa.
Igualmente, los cursos de Enfermería y Fisioterapia llevan aparejada una intensa formación clínica.