En 2016, abrió dos extensiones en los campus de Nueva Loja y El Pangui Los orígenes de la UEA se remontan al año 2002, cuando nació oficialmente mediante la Ley de la República n.º 2002-85 publicada en el Registro Oficial n.º 686 del 18 de octubre del 2002,[3] con el objetivo de que en la Región Amazónica del Ecuador exista una institución de educación superior pública, ya que esta región ha sido históricamente aislada y descuidada por parte de la administración gubernamental.
Unos años más tarde, la UEA se mudó a su propia sede a las afueras de la urbe, donde funciona actualmente.
En dicho campus existen siete edificios: el administrativo, cinco de aulas y auditorios y uno de laboratorios.
[6] Además de los campus, la UEA posee el Centro de Investigación, Posgrado y Conservación Amazónica (CIPCA), que se localiza en el km.
44, vía Puyo - Tena, muy cerca a la ciudad de Santa Clara y con una extensión de 2848,20 hectáreas, parte de las cuales destinadas a pastos (300 ha), infraestructura (aprox.