Es la Suprema Autoridad de la Institución, sus resoluciones son obligatorias y sólo podrán ser revocadas, modificadas o adicionadas por el propio Consejo.

Está encabezado por el rector de la Universidad, quien funge como presidente dentro del Honorable Consejo Universitario El escudo fue diseñado en 1977 por el arquitecto Donaciano Blanco Flores, de acuerdo a los antecedentes históricos que trascienden del estado de Tlaxcala.

La Universidad Autónoma de Tlaxcala ofrece 42 licenciaturas, 2 especialidades, 36 maestrías y 11 doctorados.

[2]​ Se trata de un espacio cultural multidisciplinario que ofrece actividades en diversos formatos tales como conciertos, obras de teatro así como congresos de interés universitario.

La Universidad se divide por áreas acorde a su ubicación geográfica, tanto en la ciudad de Tlaxcala de Xicohténcatl como en el resto del estado de Tlaxcala.