La época prehistórica en Tlaxcala ha sido abordada con base a una clasificación que resalta los elementos culturales, definiendo determinadas fases o periodos.En este contexto, tenemos que el establecimiento de los primeros grupos pre-agrícolas, se les ha identificado en el periodo conocido como Tzompantepec; este va aproximadamente del año 1700-1800 al 1200 a. C. Para esta fase, se observan ya asentamientos en lo que actualmente es el área de influencia del municipio de San Felipe Ixtacuixtla.Se puede afirmar, dadas las condiciones que presentan los asentamientos en Tezoquipan y Tezoquipan del Valle, así como la posición estratégica del bloque Nativitas, que el área que comprende el actual municipio de Ixtacuixtla, jugó un papel importante en la consolidación de los asentamientos humanos, durante este periodo.Su ubicación estratégica dentro del bloque Nativitas, en las colindancias con Huexotzinco y la región de Calpulalpan le confieren significativa importancia.A principios del siglo XVII, los frailes del convento de Ixtacuixtla, atendían a los pueblos cercanos de La Trinidad, San Pedro, San Mateo, San Cristóbal, Santa Ana, Santa Inés y Santa Justina, estas poblaciones menores contaban con sus iglesias de visita.
