Logra mantenerse en la categoría durante los siguientes años, con algunos altibajos, pero siempre consiguiendo el objetivo de la permanencia.La destitución del entrenador y la llegada de Alfonsín hacen que el equipo realice una magnífica segunda vuelta, saliendo del descenso y, finalmente, acabando la temporada en octava posición.Para la siguiente temporada 2008/09, el club se pone como objetivo el ascenso a la Segunda División B.Para ello, renuevan casi por completo la plantilla y contratan como entrenador a Carlos Ríos, que firma por dos años.En Ávila, el resultado del partido es un empate a cero y, en Almería, un empate a uno que hace pasar de ronda al equipo avulense y, por lo tanto, deja al Almería B sin el sueño de alcanzar la Segunda B.Sin embargo, el club ascendió a la Segunda División B de España gracias al descenso administrativo del CF Atlético Ciudad.Consiguió un más que meritorio tercer puesto en Segunda División B, clasificándose así para los play off de ascenso a Segunda División por primera y única vez en su historia.En la segunda eliminatoria se enfrenta al Real Sporting de Gijón "B".[8] La última eliminatoria la disputó contra el Villarrobledo Club de Fútbol, al cual venció 3-6 a domicilio y ganó 2-0 en el Estadio de los Juegos Mediterráneos, consiguiendo el ascenso a Segunda División B.En la temporada 2023-24 el equipo queda en 4.ª posición, consiguiendo la mayor goleada de su historia tras vencer 14-1 al Atlético Melilla.
