Esta versión presentó nuevos luchadores, escenarios, códigos, personajes ocultos y modos de juego.
Tras el Torneo de Outworld, Shao Kahn tiene planeado cual va ser su próximo movimiento, resucitar a su reina Sindel en Earhtrealm (Reino de la Tierra), para reclamarla y acceder al Earhtrealm.
Al hacer esto, Kahn cruza los portales dimensionales, con sus guerreros y hechiceros, e inicia la Invasión del Outworld a la Tierra.
Pero ante este panorama los guerreros elegidos de Earhtrealm no se encuentran solos... la Princesa Kitana se une a ellos para que la Tierra no corra la misma suerte de Edenia.
Además, se desbloquea a Ermac, Mileena y a Classic Sub-Zero con los Kombat Kodes tradicionales que aparecen en el VS Screen, los personajes permanecen desbloqueados después de reiniciar el juego.