El comandante John Randolph Tucker, que comandaba el buque, ordenó que el Yorktown se convierta en una cañonera y lo rebautizó como Patrick Henry en honor a ese patriota revolucionario.
Remolcada fuera de acción el tiempo suficiente para hacer reparaciones, pronto volvió a ocupar su puesto anterior.
El Congreso Confederado agradeció más tarde a todos los oficiales y hombres por su conducta galante durante la batalla de dos días.
En octubre de 1863, El Patrick Henry albergó la Academia Naval de los Estados Confederados flotante en Drewry's Bluff, donde comenzó la instrucción para 52 guardiamarinas bajo la superintendencia del teniente William Harwar Parker.
Posteriormente, los números aumentaron a sesenta, con la asistencia de trece maestros.