Se fundó en 1960, cuando Niterói aún era la sede del Estado de Río de Janeiro y se llamaba Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (nombre que hoy designa a la UNIRIO, otra universidad del mismo estado).

Al principio, la vida institucional de la recién creada universidad fue turbulenta debido a una acérrima lucha por el poder, en parte debido a la heterogeneidad de su formación y la indefinición estatutaria.

Con la instauración del gobierno militar en el país, la UFF se acomodó estructuralmente al modelo impuesto por la Ley nº 5.540/68, que impuso la constitución interna de las unidades departamentales y la agregación de las unidades en centros temáticos.

A la extensión le correspondieron diversas funciones, contextualizadas según las políticas internas y externas.

Gradualmente, a partir de estos cursos, se fueron constituyendo nuevos departamentos y facultades.

Además, cuenta con 4.695 servidores técnico-administrativos y 4.166 estudiantes de posgrado.

La Universidad Federal Fluminense tiene residencia estudiantil en funcionamiento en Niterói y Río das Ostras.

En el municipio de Niterói (campus sede): En otros municipios: La UFF cuenta con profesores de maestría y doctorado dedicados a la investigación científica y académica.

[9]​[10]​ Para administrar alrededor de R$ 1,9 mil millones[11]​ en gastos corrientes (año de referencia 2019) la UFF es administrada por órganos superiores ejecutivos y colegiados.

Los órganos superiores colegiados son los Consejos Superiores, que en la UFF son tres: el Consejo Universitario (CUV), el más importante de los tres y que se ocupa de los asuntos políticos-institucionales y administrativos; el Consejo de Enseñanza, Investigación y Extensión (CEPEx), que se ocupa de los asuntos político-pedagógicos; y el Consejo de Curadores (CUR), que se ocupa del seguimiento financiero y fiscalización.

En diciembre de 2005, la UFF contaba, en educación superior, con 2,078 docentes en su plantilla permanente (54 % doctores, 30 % maestros, 9 % con al menos una especialización y los 7% restantes solo graduados).

[12]​ Con la contratación constante de nuevos profesores, en 2009 este número llegó a 2,852 (personal efectivo).