Su área disfruta de una estrecha zona plana al margen occidental del río Cauca y de una extensa zona montañosa que va desde los 1000 hasta más de los 3000 m s. n. m. El territorio está bañado por múltiples ríos y quebradas que en su mayoría desembocan en el río Cáceres y, por consiguiente, en el río Cauca.
Los ríos Culebras, Cuancua, Cáceres y Blanco son los más conocidos en la región.
Trujillo tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: Además, el municipio está compuesto con las siguientes veredas: La Sonadora, Cerro Azul, El Chocho, La Bohemia, La Siria, La Soledad, El Muñeco, Los Chacales, Magungo, Cedrales, El Oso, La Floresta, La Luisa, La Marina, Tres Esquinas, Tres Heldas, Villa, Villa Clara, El Tabor, Alto Cáceres, Baja Cristalina, Bajo Cáceres, El Tanjer, Juntas, Los Ranchos, Palermo, Puente Blanco, Cascajal, Hato Viejo, Tierra Blanca, La Marina, La Betulia, Riochiquito, El Indio, La Herradura, La Débora, Maracaibo, La Diamantina, Alto Cristales.
[3] En octubre de 1929, Ernesto Pedraza (quien más tarde llegara a convertirse en Alcalde Municipal) propuso el nuevo nombre, en honor al General y Presidente liberal Julián Trujillo.
El mando del municipio estuvo a cargo de líderes liberales vallecaucanos, que contrastaban profundamente con las tradiciones conservadoras antioqueñas.
Estas intervenciones sobre el terreno permitieron que el trazado urbano se desarrollara en su mayor proporción en una malla ortogonal que se extiende longitudinalmente de nor-oriente a sur-occidente, la cual en su extensión ya tocó los bordes naturales del mencionado valle.
En el extremo nor-oriental de la cabecera, a partir del río Culebras, el terreno presenta pendientes moderadas que van ascendiendo hasta encontrar la ladera de una formación denominada la cuchilla sobre cuya cresta se asienta el barrio que lleva el mismo nombre.
Funcionalmente, Trujillo tiende a desarrollarse en relación con los ejes longitudinales (carreras) que determinan su forma.