Al acabar la temporada fue nombrado Jugador del Año Morris County por Newark Star-Ledger y el MVP para su equipo por el prestigioso Capital Classic en Washington D. C. A pesar de su dominio durante su carrera en el instituto, Murphy no era considerado uno de los proyectos más prometedores del país debido al pobre nivel que existía en la Northern Hills Conference.
En su año júnior se quedó en números sensiblemente peores, 21.8 puntos y 9.2 rebotes.
John’s), Patrick Ewing (Georgetown) and Richard Hamilton (Connecticut).
En su primera temporada no tuvo demasiado protagonismo pero fue, junto con Pau Gasol y Andréi Kirilenko, el único novato en disputar los 82 partidos, y el primer 'Warrior' en jugar todos los partidos desde Joe Smith en la 1995-96.
En su segunda temporada en Golden State, Troy se consolidó como titular indiscutible, jugando los 79 partidos que disputó desde el inicio.
Desde 2002 nadie conseguía en Golde State alcanzar la veintena en rebotes, en esa ocasión lo firmó Danny Fortson.
Dos meses después, el 8 de marzo superaría su récord reboteador con 22 ante Milwaukee Bucks.
Murphy se estaba estancando y la franquicia lo incluyó el 17 de enero de 2007 en el traspaso que le envió, junto con Mike Dunleavy, Jr., Ike Diogu y Keith McLeod, a Indiana Pacers a cambio de Stephen Jackson, Al Harrington, Šarūnas Jasikevičius y Josh Powell.
En Indiana hizo 11.1 puntos y 6 rebotes, mientras Golden State Warriors se colaba en playoffs después de muchos años.