[13]​ Los primeros magistrados del Tribunal Constitucional fueron elegidos en 1996 tras largas negociaciones entre los partidos políticos que conformaban el Congreso.

Se eligió a Ricardo Nugent López Chávez, Francisco Acosta Sánchez, Manuel Aguirre Roca, Luis Guillermo Díaz Valverde, José García Marcelo, Delia Revoredo Marsano de Mur y Guillermo Rey Terry.

Le está prohibido desempeñar cualquier otro cargo público o privado y ejercer cualquier profesión u oficio, a excepción de la docencia universitaria, siempre que no afecte el normal funcionamiento del Tribunal.

Los Magistrados del Tribunal no están sujetos a mandato imperativo, ni reciben instrucciones de ninguna autoridad.

Los Magistrados del Tribunal, en pleno y mediante votación secreta, eligen, entre sus miembros, al Presidente.

Para la elección, en primera votación, se requieren no menos de cinco votos.

[14]​ Con el reformado Tribunal Constitucional, los candidatos fueron elegidos por el Congreso, que está principalmente representado por políticos oportunistas sin vínculo alguno con la realidad social peruana.

[15]​ Esta institución ha sido acusada de manipular las nominaciones al tribunal para lograr objetivos políticos.

[20]​ Fernando Rospigliosi, de Fuerza Popular, había planteado reducir los votos del TC para resolver demandas competenciales,[21]​[22]​ una propuesta que contó con 6 opiniones a favor de las 116 solicitudes realizadas a instituciones del Estado.

[23]​ Si se aprobara, el diario La República advirtió que se estaría legitimando el poder del Congreso para someter a altos y ex altos funcionarios a procesos de acusación constitucional.

[24]​ Según Luis Huerta, el Tribunal Constitucional enfrentó demandas sobre temas políticos, como la confianza, la disolución del Congreso y las vacancias presidenciales.

[25]​ El Tribunal Constitucional también se enfrentó a su condición de «máximo intérprete» de las leyes frente al Poder Judicial, ya que un expediente (021-2006-J-OCMA/PJ) declaraba al TC como la instancia final para permitir o rechazar resoluciones judiciaes.

[29]​ Un mes más tarde, en abril, la Corte IDH también condenó la decisión del Tribunal Constitucional de permitir que el gobierno tomara tierras indígenas sin consultarles previamente ni obtener su consentimiento.