Estudió en la misma escuela local con Saigō Takamori, quien era tres años mayor.
En 1866, se reunió con Saigō Takamori y el líder de Chōshū Kido Takayoshi para formar la secreta Alianza Satcho, que derrocaría al Shogunato Tokugawa.
El triunvirato de Ōkubo, Saigō y Kido formó un gobierno provisional.
No obstante, fue incapaz de ganar a su antiguo colega Saigō Takamori.
Cuando Ōkubo decide visitar nuevamente a Kenshin ese día, es asesinado por Seta Sōjirō, mano derecha de Shishio, y usa al clan Ichirō como chivo expiatorio en el asesinato.
Ōkubo también fue la principal inspiración del personaje Ōmura en la película El último samurái.