[1] Esta edición fue la primera en utilizar un torneo regional como clasificatorio para decidir la distribución de cupos entre múltiples uniones sin garantizar cupos para cada unión: el Torneo Regional del Noroeste 1999 decidió los siete cupos correspondientes a las uniones de Tucumán (5), Salta (1) y Santiago del Estero (1).
Al Grupo A clasificaron los cinco equipos correspondientes a las uniones de Córdoba, Mendoza, Rosario y Tucumán en lugar de cuatro, además del campeón defensor.
Los siete cupos correspondientes a las uniones de Tucumán (5), Salta (1) y Santiago del Estero (1) fueron puestos en juego en el Torneo Regional del Noroeste 1999 en lugar de sus respectivos torneos provinciales.
Por otro lado, los clubes tucumanos ocuparon los siguientes seis puestos, por lo que se adjudicaron las dos plazas en el Grupo B que le correspondían originalmente a Salta y Santiago del Estero, este último acabando sin representantes en el torneo.
Los tres ganadores y el mejor perdedor (Universitario de Santa Fe) clasificaron a la fase final.