La segunda fase consta de 10 grupos para obtener los 20 equipos que continúan en la lucha por el Ascenso, y 5 grupos para definir los equipos que descenderán a Tercera División de LINAFA.
(*) Se retiró del Torneo Esta fase se enfrentan en series directas los 20 equipos clasificados de la ronda anterior, para obtener los 10 equipos que clasificarán a la siguiente etapa.
Esta fase se enfrentan en series directas los 10 equipos clasificados de la ronda anterior, para obtener los 6 equipos que clasificarán a la siguiente etapa (los 5 ganadores de las series y adicionalmente el mejor perdedor).
Nota: Atlético Quepos clasifica como Mejor Perdedor por mayor cantidad de goles como visitante.
En esta temporada se implementó jugar dos triangulares semifinales, y el ganador de cada triangular avanza a la Final[5]