El técnico con más partidos dirigidos en Primera División es Marvin Rodríguez (174), quien además dio al equipo su único título nacional.

El Municipal Puntarenas se fundó en 1952, participó en la Liga Mayor (así se llamaba la Segunda División), hasta 1963, pese a no campeonizar en esa oportunidad fue ascendido a la primera división donde permaneció por 9 temporadas (hasta 1972).

[2]​ Puntarenas, del a mano del técnico Marvin Rodríguez, derrotó en la final a la Liga Deportiva Alajuelense en el estadio Lito Pérez por 2:1 y logró sacar el empate a 1 en la vuelta en el estadio Alejandro Morera Soto de la ciudad de Alajuela, para dejarse la corona del certamen, en lo que fue su máximo logro como equipo de primera división.

Militó en sea liga desde el 2001, salvando la categoría en la temporada 2002-2003 cuando disputó la liguilla del descenso ante el Municipal Santa Ana.

Finalmente el equipo desapareció en el año 2014, luego de que el club no se inscribiera para el Torneo LINAFA 2013-2014.