Como asociación fue fundado en 1979 con el nombre de Diablos Rojos C.F, actualmente desaparecido y que participó en la 3.ª.
En los primeros 45 minutos los pableños perdían 1-0 y en el segundo tiempo Francisco Hibbert Brenes anota el gol del empate.
Llegan los tiempos extras y el encuentro se mantiene igual por lo que se tiene que recurrir a la vía de los penales, donde San Pablo se impone 5 a 4 y es el nuevo campeón de fútbol en esa categoría.
Estuvieron en disputa del título nacional de Tercera División Deportivo Jiménez, A.D.
Dimas de Escazú, Campos de Oro en Abangares, Real Azofeifa, San Francis F.C, Empresa Guadalupe, La Pacífica y Nápoles.
Los clubes clasificados al ascenso son: San Pablo de Heredia (Club Deportivo Miraflores), Proyecto Alejandro Morera Soto (PAMS), San Juan de Puriscal y Pital de San Carlos.
Regiones 14, 15 y 16: Real Espasa, A.D.R.Paquera, Jicaral de Puntarenas, A.D.
Municipal San Pablo desciende a Tercera División junto con la A.D.
Puntarenas, Orión Escazú, C.S.Guadalupe, Matineña F.C, La Francia de Siquirres, Patiño F.C y Nandayureña.
Municipal San Pablo y que, participa en la Cuarta División de LINAFA.
En la temporada 2012-13 la juvenil (Munipal San Pablo) es Subcampeona por la provincia de Heredia y a nivel nacional en Cuartas Divisiones de LINAFA.