La segunda fase constará de 10 grupos para obtener los 20 equipos que continúan en la lucha por el Ascenso, y 8 grupos para definir los equipos que descenderán a Tercera División de LINAFA.
Teresita, ya que este equipo apeló una alineación indebida por parte de Guatuso FC.
(*) Originalmente Matineña tenía 10 pts pero se le descontaron 3 pts y se le acreditaron a AD San Rafael Hdia, ya que este equipo apeló una alineación indebida por parte de Matineña.
Paquera ya que perdió en serie de penales 4 a 1 (*) Se retiró del Torneo Esta fase se enfrentan en series directas los 20 equipos clasificados de la ronda anterior, para obtener los 12 equipos que clasificarán a la siguiente etapa (los 10 ganadores de las series y adicionalmente los 2 mejores perdedores).
Esta fase se enfrentan en series directas los 12 equipos clasificados de la ronda anterior, para obtener los 8 equipos que clasificarán a la siguiente etapa: Cuartos de Final.