En el 2006, la segunda liga aficionada decide incluir el equipo para pelear su ascenso a la Primera División de ANAFA.
Domingueño es el representante más fuerte en la segunda y tercera división de Costa Rica.
La Asociación Deportiva Domingueña logra el título nacional de Tercera División en 1926.
Inclusive juegan el campeonato de segunda división 1929 contra Gimnástica, La Libertad, L.D.A, Atlántico F.C, C.S.
En 1939 Santo Domingo logra el título del segundo torneo Cantonal y de Barrios organizado por el Club Sport Herediano.
En los años 1949-50, los domingueños son campeones del torneo Intercantonal y de barrios o distritos por Heredia.
El club azul se alista para militar en la tercera división pero no le alcanza.
Vuelve a la carga y allí la selección domingueña (Santo Domingo F.C) se consolida como club de fútbol costarricense, siendo subcampeón en 1964.
Ahí también entraron los Diablos Rojos de San Pablo, sin embargo quedan campeones los del Yurusty.
Al año siguiente se inaugura el torneo distrital en el Barrio La Castilla de San Miguel; volviendo a ser campeones los roseños con el Deportivo Montano por Santo Domingo, pero en la fase inter regional son eliminados por el Municipal Rebeldes Barveño, C. D. Belén, La Suiza de San Rafael, Selección de San Pablo, entre otros.
En la temporada 2009-10 los domingueños logran su ascenso a la Primera División de LINAFA.