Durante ese tiempo fue buscado como consejero espiritual por los personajes políticos y religiosos más importantes del siglo XVII.
Rodrigo vivió en este ambiente y así fue decisivo el paso del Reformador trinitario Juan Bautista de la Concepción por su pueblo.
Los médicos no alcanzaron a saber nunca la razón de aquella enfermedad, la diagnosticaron como hemoptisis aguda.
Sin embargo, un mes más tarde, mientras recogía limosnas en Bujalance, se recrudeció la enfermedad, sospechan entonces que puede tratarse de una tuberculosis, todos los médicos coincidían en afirmar que vivía de milagro, y recomendaron trasladarlo a un lugar con un clima más seco.
El papa Urbano VIII ordenó a su nuncio en España que no tomara decisión alguna sin consultar antes con fray Tomás de la Virgen.
Sin embargo, a ningún rey, valido o noble aceptó nunca fray Tomás en su sencilla celda, de modo que la reina Isabel de Borbón mandó pintar un retrato del fraile trinitario y colgarlo en sus habitaciones privadas del palacio, encontrándola muchas veces en conversación con aquella imagen.
Durante tres días toda la villa y la corte de Madrid le rindió homenajes al que consideraban su santo.