Encarnó a los curas liberales de la época, que recibieron con entusiasmo los movimientos independistas de México, encabezados por Miguel Hidalgo y Costilla y José María Morelos.

El padre Tomás Ruiz y otros conjurados fueron condenados, unos a la horca y otros a prisión, pero por gestiones de personas influyentes, estas penas no se aplicaron.

Permaneció cinco años en prisión, sufriendo largos períodos de incomunicación, privaciones y desprecios.

Ya libre en 1819, solicitó permiso para trasladarse a la Ciudad Real de Chiapas (actualmente llamada San Cristóbal de las Casas, Estado de Chiapas, Estados Unidos Mexicanos), donde falleció como consecuencia de los vejámenes y torturas recibidas en la cárcel.

[3]​[4]​ El padre Tomas Ruiz fue un prócer de la independencia de Centroamérica que ha sido casi olvidado y la historia le ha hecho poca justicia.