Tomás fue el hijo de Nicéforo I Comneno Ducas y Ana Cantacucena, la sobrina del emperador Miguel VIII Paleólogo.
Esto aisló a Epiro de su aliado más fuerte y lo dejó prácticamente sin apoyo externo.
Para remediar esto, Ana organizó una alianza con el Imperio bizantino y el matrimonio del joven Tomás con Ana Paleóloga, la hija del coemperador Miguel IX Paleólogo.
Mientras tanto Carlos II envió tropas a Epiro, pero fueron rechazados y los epirotas avanzaron hacia los territorios angevinos en los Balcanes Occidentales, recuperando Butrinto y Naupacto en 1304-1305.
Una nueva invasión angevina en 1307 terminó con un compromiso por el cual se cedió a Felipe de Tarento muchas de las fortalezas que habían sido retomadas por los epirotas en la guerra anterior.