Habitada desde tiempos prehistóricos, Butrinto ha sido una colonia griega, una ciudad romana y un obispado.

El actual sitio arqueológico recoge ruinas que abarcan todo ese extenso periodo histórico.

Desde que fuera redescubierta en 1928 se ha excavado y desenterrado aproximadamente una quinta parte de la ciudad.

El entorno del sitio arqueológico está declarado como parque natural de Butrinto por su riqueza ecológica y cultural.

Butrinto es fácilmente accesible desde la vecina isla griega de Corfú, que posee una larga tradición turística.

Eneas abandonaría posteriormente Butrinto y proseguiría su viaje, encontrando finalmente asilo en la región italiana del Lacio, donde sus descendientes fundarían la ciudad de Roma.

Esto fue entendido como un signo de los dioses para que fuera fundada una ciudad en el lugar.

La ciudad allí fundada recibió el nombre de Butrinto, que significaría algo así como el toro herido.

Las primeras evidencias arqueológicas de ocupación sedentaria del solar de Butrinto se remontan a una época entre los siglos siglo VIII a. C. y siglo X a. C. Butrinto nació como una población ligada a la vecina colonia griega de Corcyra (Corfú), fundada hacia la misma época en la isla situada frente a ella.

Butrinto no fue ajeno a este proceso y podría considerársele una ciudad greco-epirota, culturalmente mestiza.

Tras declinar el reino epirota, en el año 228 a. C. Butrinto se convirtió en protectorado romano, junto con la vecina isla de Corfú.

En el año 49 a. C. Julio César visitó la ciudad durante su campaña contra Pompeyo y posteriormente la designó como colonia para los soldados veteranos que vencerían a los pompeyanos en la Batalla de Farsalia.

A comienzos del siglo VI, Butrinto vivió una nueva edad de oro al convertirse en sede episcopal.

Eso no evitó, sin embargo, que en el año 550 los ostrogodos del rey Totila saquearan la ciudad.

Las excavaciones arqueológicas muestran que la ciudad importaba bienes de lujo, vino y aceite del Mediterráneo Oriental; y que este comercio continuó hasta los primeros años del siglo VII, cuando el Imperio bizantino perdió el control sobre la zona.

Durante los siglos VI y VII, siguiendo un patrón común a otras ciudades de los Balcanes, Butrinto disminuyó de tamaño y se convirtió en poco más que un pequeño puesto fortificado.

Las incursiones de tribus eslavas y búlgaras en los siglos siguientes dejaron la ciudad momentáneamente bajo su poder.

En 1912 Butrinto pasó a formar parte de Albania tras independizarse este país del Imperio Otomano.

Los restos más antiguos del emplazamiento son los muros de piedra ciclópeos, que protegían la ciudad.

De este periodo destaca un pequeño baño romano y un palacio ubicado al lado del antiguo puerto.

El sitio arqueológico destaca, sobre todo, por los restos de un baptisterio paleocristiano, del siglo V d. C., cuando el cristianismo llegó a la ciudad.

El baptisterio es una de las mejores y más bellas muestras del arte paleocristiano conservadas en Europa.