Karamessines participó activamente en el Proyecto FUBELT de la CIA para socavar el gobierno del presidente chileno Salvador Allende.
[nota 1] Allí Kissinger planteó su deseo de “que nuestro aliento a las fuerzas armadas chilenas en semanas recientes fuera mantenido tan secreto como sea posible”.
La reunión concluyó luego de que Kissinger afirmara que la CIA debería mantener “ la presión sobre Allende en todos los puntos débiles que se puedan encontrar.” Karamessines afirmó que la CIA obedecería.Un día después, Thomas Karamessines, envió una guía operativa al jefe de la CIA en Santiago de Chile.
David Phillips, agente de los trucos sucios la CIA que hacia los discursos públicos de apoyo al Director Adjunto de los planes (trucos sucios) trabajó para Karamessines.
Su conocimiento del Asesinato de John F. Kennedy y papel de la CIA en su cobertura fue, sin duda, heredada desde Helms.