Aunque nacido en Alemania, Theodor Meynert acompañó a su familia a Viena, donde su padre, el periodista Hermann Günther Meynert fue crítico de teatro bajo el pseudónimo de Janus.
Meynert defendía una visión del cerebro organizado en diferentes áreas funcionales conectadas unas con otras por haces de sustancia blanca.
Desde 1867, publicó también una clasificación de las enfermedades mentales fundada sobre sus corolarios anatomo-patológicos que dividió a sus colegas.
Aunque algunos de ellos se le opusieron violentamente en el plano científico, Sigmund Freud reconoció el profundo influjo que ejerció sobre la evolución de las neurociencias y la concepción de los enlaces entre el cerebro y el pensamiento.
Theodor Meynert intentó mejorar las condiciones del hospital psiquiátrico para hacerlas más humanas.