En 1882, fue director del instituto clínico de psiquiatría y neurología en Leipzig.[3] Aunque Flechsig contribuyó mucho con su estudio de desórdenes neurológicos, es más conocido hoy en día por sus investigaciones en mielogénesis.Entre sus estudiantes se encontraban Emil Kraepelin y Oskar Vogt.Flechsig fue el psiquiatra de Daniel Paul Schreber, cuyas memorias inspiraron a Sigmund Freud para que publicara un análisis detallado del caso en 1911.Derivó un mapa de la corteza cerebral no dividido por histología (como lo hiciera Korbinian Brodmann), sino por mielinización.
