En 2009, el videojuego fue reeditado por SEGA y distribuido en formato digital por Nintendo a través de la Consola Virtual de la Wii.
De los restos de la organización criminal Zeed, que Joe Musashi destruyó hace tres años, nace una organización aún más maligna llamada Neo Zeed.
A lo largo del juego, el jugador encuentra cajas de madera que contienen diferentes objetos: Ninjutsu Joe Musashi cuenta con el poder del ninjutsu, habilidades mágicas que le ayudan en su misión.
El juego se divide en 8 distritos, cada uno de los cuales tiene dos niveles y un jefe.
Cada vez que se derrota a un jefe aparece la pantalla de puntuaciones, y acto seguido un mapa que muestra la secuencia de distritos que el jugador ha completado, antes de pasar al siguiente.