La historia narra la lucha del ninja Joe Musashi, contra la organización criminal Zeed.
Hoy en día, Shinobi es considerado todo un clásico en el género de acción.
Esta vez la historia continúa con Hayate, el hijo de Joe, acompañado por su perro Yamato.
Adaptación a la consola Sega Mega Drive del videojuego para recreativas, Shadow Dancer.
Equipado con shuriken, así como ametralladoras, Joe Musashi debe impedir que la adquisición de plutonio suficiente para destruir la Tierra.
Ambos Shinobi y Silent Fury fueron juegos exclusivos de Game Gear.
Por lo menos dos conocidas versiones beta de Shinobi III están actualmente en circulación, con unos niveles del juego final completamente diferentes.
La trama presenta una ruptura con la tradicional historia de las anteriores entregas, puesto que se centra en un nuevo personaje llamado Sho.
En Japón el juego es conocido como Kunoichi, el término japonés para designar el equivalente a los ninjas de sexo femenino.