La música de esta versión del juego Shinobi fue compuesta por Yuzo Koshiro.
Rumores de terror y destrucción han dado lugar a las Ninja Valle.
Regresan con noticias de una poderosa fuerza oscura que ha establecido una base en Neo City.
El Maestro sabe que sólo un guerrero entrenado en el arte del Ninjutsu puede plantar cara a esta amenaza.
Uno a uno sus mejores pupilos entran en City Neo para localizar y destruir la fuente del mal.